Jacob Bekenstein sinh tại Mexico City năm 1947. Ba mẹ ông, Joseph và Esther (tên trước khi cưới là Vladaslavotsky), là người Do Thái Ba Lan nhập cư vào Mexico.[2] Ông chuyển đến Mỹ từ sớm, và được cấp quyền công dân Hoa Kỳ năm 1968.[3] Ông cũng là một người dân Israel.[4]

Bekenstein theo học tại Viện Bách Khoa Brooklyn, nay gọi là Trường Kỹ thuật Tandon Đại học New York, nhận bằng đại học và bằng thạc sĩ năm 1969. Năm 1972, ông tiếp tục nhận bằng PhD tại trường Đại học Princeton, dưới sự hướng dẫn của John Archibald Wheeler.[5]

Bekenstein có ba đứa con với người vợ Bilha. Cả ba người con, Yehonadav, Uriya và Rivka Bekenstein, đều trở thành các nhà khoa học.[2] Năm 2018, Yehonadav trở thành phó giáo sư (assistant professor) tại Khoa Khoa học và Kỹ thuật Vật liệu tại Technion.[6] Bekenstein là một người theo đạo Do Thái, từng nói rằng: "Tôi coi thế giới là một sản phẩm của Chúa trời. Ông ấy đặt ra những quy luật rất cụ thể và chúng ta vui thích khi khám phá chúng bằng khoa học."[7]